A penészgombák bárhol megtalálhatók a levegőben, de ahhoz, hogy megtelepedjenek, számos külső és belső tényező megléte szükséges.
Külső tényezők
Szaporodásukhoz általában a savas közeget a 20–25°C-os hőmérsékletet, nedvességet kedvelik, és oxigén hiányában a spórák nem képesek kicsírázni, de egy ideig életképesek maradnak.
A penészgombák általában szobahőmérsékleten szaporodnak, de találunk közöttük olyan fajokat is, amelyek a hűtőben tárolt élelmiszereken is elszaporodnak. Hűtött húsok felületén, ha az gyorsan kiszárad, szembetűnő penészes romlás következhet be (Cladosporium elszaporodása pl. fekete, a Penicillium fajok zöld és a Sporotrichum és Crysosporium fajok fehér foltokat hozhatnak létre). A hőtűrő penészgombák jellemzően a hőkezelt gyümölcsök és gyümölcskészítmények romlását okozzák.
Belső tényezők
Idesoroljuk a penészgombák anyagcsere-képességét és a szaporodási sebességét. Szaporodásuk folyamán felhasználják az élelmiszer összetevőit (víz, szénhidrát, nitrogén, ásványi anyagok), és anyagcsere-termékeket (fehérjéket, toxinokat) választanak ki.
Az élelmiszer fizikai, kémiai és érzékszervi tulajdonságait megváltoztatják, ami az élelmiszer romlásában jelentkezik. Élelmiszer-biztonsági szempontból fontos a penészgombák nagyfokú jelenlététől és toxinjaitól mentes alapanyag. A feldolgozásra, közfogyasztásra szánt alapanyag ellenőrzött, megbízható helyről kell származzon. Például gabonafélék esetében nemcsak a későbbiekben említett kémiai eljárások (pl. adalékanyagok) alkalmazásával csökkenthető a fertőzöttség rizikója, hanem fontos a termőföldi gombafélék és a tárolás során az ún. raktári penészek (a Penicillium és az Aspergillus fajok) elleni védelem is (aratás, szárítás, őrlés, tárolás, szellőztetés, átforgatás).
Az ételeken, élelmiszereken abban az esetben jelenik meg a penész, ha azok spórákkal fertőződnek, amelyek elszaporodnak. A penészedési folyamat kialakulását döntően meghatározza az alapanyag érzékenysége, a megfelelő hőmérséklet és nedvességtartalom, és az oxigén jelenléte. Szigorúan ellenőrzött, jó minőségű élelmiszer, jó higiéniai gyakorlat, jó gyártási gyakorlat, a technológiai folyamatok követelményeinek betartása mellett, és az élelmiszer minőségmegőrzési idején belüli felhasználásával megelőzhető a penész megjelenése.